物料水分含量達不到肥料發酵劑處理要求時，必須進行水分調節。適宜的含水量為原料濕重的50--70%，也就是用手緊握時稍有液體出現在手縫中而不下滴為最佳。

有機肥設備對于秸稈等物料的要求：對含有大量作物秸稈的物料，適宜的含水量能使物料吸水膨脹而軟化，有利于特定微生物的分解。但水分過高影響料堆的通氣性，極易造成厭氧狀態，抑制特定微生物的活性。

有機肥設備對于畜禽糞便的要求：水分含量低于40%的畜禽糞便，可使其與含水量相對較高的糞便混合堆置4--8小時，使其含水量調節在適宜范圍內后再添加肥料發酵劑。